Tuy Phong trào không liên kết là một tổ chức liên minh các quốc gia, giống như Liên Hiệp Quốc hay NATO, nó vẫn có những điểm đặc biệt so với các tổ chức này về tổ chức và cấu trúc. Đầu tiên, nó tự nhận là mang bản chất không phân cấp, có nghĩa là không có quốc gia nào có quyền phủ quyết hoặc có sự ưu tiên đặc biệt trong bất cứ lĩnh vực nào. Ghế chủ tịch được xoay vòng một cách chính thức tại mỗi hội nghị. Quốc gia điều hành tổ chức được xoay vòng (hiện nay là Ai Cập) và việc xoay vòng này là nhất quán và bình đẳng. Thứ hai, tổ chức không có bất kỳ một hiến chương nào như các tổ chức tương tự khác. Đây là do xét đến việc với quá nhiều quốc gia với nhiều quan điểm và ưu tiên khác nhau, bất kỳ một cấu trúc quản lý hình thức nào cũng có thể tăng sự chia rẽ và cuối cùng có thể dẫn đến sự sụp đổ của tổ chức.

Quyền kết nạp thành viên cũng đã thay đổi so với các tiêu chí ban đầu. Khi tổ chức dần lớn mạnh và tình thế chính trị quốc tế thay đổi, các tiêu chí cũng thay đổi theo. Đang có một nỗ lực tích hợp các tiêu chí của Phong trào với các quan điểm chính yếu của Liên Hiệp Quốc. Các tiêu chí mới nhất đó là quốc gia ứng viên phải tuân theo các nguyên tắc sau:

• Tôn trọng quyền cơ bản của con người và tôn trọng mục đích và nguyên tắc của Hiến chương Liên Hiệp Quốc.
• Tôn trọng chủ quyền và toàn vẹn lãnh thổ của tất cả các quốc gia.
• Công nhận sự bình đẳng của tất cả chủng tộc và sự bình đẳng của tất cả các quốc gia, dù lớn hay nhỏ.
• Tránh can thiệp vào công việc nội bộ của nước khác.
• Tôn trọng quyền tự vệ một cách đơn độc hoặc tập thể của mỗi quốc gia, thể theo Hiến chương của Liên Hiệp Quốc.
• Tránh các hành động hoặc đe dọa tấn công hoặc sử dụng vũ lực nhằm chống lại sự toàn vẹn lãnh thổ hoặc sự độc lập chính trị của quốc gia khác.
• Giải quyết tất cả các tranh chấp quốc tế bằng con đường hòa bình, phù hợp với Hiến chương Liên Hiệp Quốc.
• Tăng cường sự hợp tác và đôi bên cùng có lợi.
• Tôn trọng công lý và các nghĩa vụ quốc tế.